在荷军城防火炮发力后，城外的夏军炮兵很快就转移了目标，集中火力准备先摧毁荷军的炮火火力点，双方炮手随即展开炮战，而夏军步兵只能忍受炮弹不时从头顶飞过，合力将攻城器械向前推动。
除了对城墙发起进攻外，夏军还试图从三条运河发起进攻突入城内，他们将属于轻型战舰的双桅岸防舰与双桅巡防舰驶入运河，向巴达维亚城内突进，第一旅的部分士兵被分配到这些战舰上，只要战舰突入城内，便登陆作战。
夏军战舰的动作很快被荷军发现，荷军连忙调转火炮，对准运河上的敌舰炮击，夏军水兵在遭到攻击后也连忙以架设在舰首的火炮还击，试图强行冲过火炮的射击范围。
但他们很快就遇到了另外一个难题——为了阻止夏军从运河发起攻击，荷军早在围城初期就已经在运河上拉起一条粗重的锁链，这条锁链能够挡住任何船只通行，即便船只强行撞击，也只会是船只本身出现损坏。
为了突破这条锁链的封锁，夏军只能放下能够从锁链底下穿过的小舟，运载突击队强行登陆运河两边，将锁链放下。
夏军本来是准备用大量火药将锁链炸断的，但考虑到火药的威力恐怕无法将铁制的锁链炸断，便只能放弃了这个想法，转而另辟蹊径，寻求其他方法。
随后，数十条小舟先后被放下，夏军士兵奋力划桨，冒着两边城墙上荷军的火力向前航行，不时有炮弹落在水面上，炸起一条水柱，弹丸、箭矢如雨点般落下，小舟上的夏军不时有人被射杀落水，但也只能埋头划桨。
荷军也意识到了夏军的意图，在夏军即将登岸的时候，荷军匆忙在岸边集结，他们居高临下以火枪朝着运河上齐射，只听一串爆豆般的枪声，靠近岸边的小舟上的夏军纷纷中弹落水，较远处的士兵看着这一幕目眦尽裂，他们顾不上悲伤，拼命划桨，希望能够赶在荷军完成装填之前登岸。
但荷军如何会给他们机会，在前排人射击后，连忙转身后撤，将射击位置让给身后的人，一连几排齐射下来，运河的河面上夏军已死伤殆尽，河面大片被鲜血染红，汉人的尸体飘在上面。
派出去的突击队就此全军覆没，夏军只能停
止冒险，转而调转侧舷，集中火力朝着被拉起来的锁链展开齐射，希望能够用炮弹将锁链打断。
但这个时候的火炮的精准度并不高，打出去的炮弹在锁链上下飞过，或是落入远处的河面中，或是飞到两岸去击中两岸的建筑，几轮炮击下来，锁链却是毫发无损。
夏军从四面发起的攻城的动静也传到了城内汉人们的耳中，他们欣喜地发觉王师正在响应他们，猛攻城墙，顿时士气大振，在荷军围攻下摇摇欲坠的阵线一时间又稳固了不少。
城墙方面，夏军冒着不时落下的炮弹终于推进到城墙底下，他们随后举枪对准城墙顶端射击，压制荷军的火力，身材高大的掷弹兵趁机攀爬云梯，他们在即将登上城墙之时点燃手榴弹，在大喊一声后将手榴弹奋力扔过头顶，将城墙内的荷军炸得七荤八素，掷弹兵随后跳入城墙，与里面的荷军展开近身肉搏。
除了云梯外，夏军还以攻城槌撞击城门，镶贴城门在攻城槌的撞击下开始剧烈晃动起来，积攒多年的灰尘不断落下，却丝毫没有撞开城门的迹象，而城门门洞上面，荷军突然拉开了木板，将底下的夏军暴露在射击范围内，随后居高临下，向底下的夏军射击，或是投掷手榴弹。
在连绵不断的枪声中，门洞内又响起了几道爆炸声，挤在里面的夏军顿时死伤一片，幸存者连忙将伤兵拖拽着离开门洞，躲开荷军的攻击范围。
另一边，那高大的攻城塔也在缓慢靠近城墙，攻城塔顶端的轻步兵能够从高处向城墙上的荷军直接射击，他们对着那些没有加入近战，而是在一旁想要射击的荷军挨个点名，迅速增加了荷军的伤亡数量。
但他们也很快遭到了荷军的反击，城防火炮在荷军士兵的呐喊声中调转炮口，对准攻城塔发出怒吼，浑圆的黑色实心弹呼啸着重重击中攻城塔塔身，在塔身上面留下一个大洞，躲在里面的夏军也被穿透进去的炮弹撕碎，损失惨重。
这并没有阻挡攻城塔靠近城墙的步伐，很快，攻城塔就靠在了城墙边上，在军官们的怒吼声中，吊桥轰然放下，落在墙垛上发出嘭的巨响，手持步枪的士兵们呐喊着冲上吊桥，但下一秒，他们就遭到了荷军的火枪齐射，顿时被射杀数人。
后面跟上的士兵没有理会倒下的同袍，直接跨过了他们的身体，跃入城墙之中，与荷军展开白刃战，一些士兵在吊桥上朝着荷军射击，在射出枪膛内的弹丸后，才不慌不忙跳进城墙，加入混战。
随着一座座攻城塔靠近城墙，并将塔内的士兵送上城墙，城墙上的守军压力剧增，其中的民兵虽然一开始战意高昂，但随着伤亡数量的增加，他们很快就出现了动摇，甚至有人趁乱逃跑。
在夏军的猛烈攻势下，城墙上的荷军开始败退，战斗并从露天的城墙段转移到了塔楼内，双方在塔楼内爆发激战，最终还是以荷军的败退而告终。
在肃清了城墙上的荷军后，夏***而争夺起城门的控制权，荷军虽然清楚城门必须掌握在自己手中，但他们很显然不是攻入城内的夏军的对手，一番激战过后，城门的控制权也拱手相让，败退下来的荷军眼睁睁看着城门打开，更多夏军涌入城内。
城墙失守的消息很快被传到马特索科尔总督耳中，他瞬间意识到这座城市守不下去了，但他不敢投降——是他下达对城内汉人进行镇压的命令，以夏军睚眦必报的性格，一旦他投降，夏军肯定不会轻易放过他。
因此，马特索科尔总督匆匆离开总督官邸，赶赴前线，准备收拢城墙退下来的溃兵，依托城内复杂的街道地形与敌人进行巷战，抵抗到最后一刻。
他下令镇压唐人街的军队撤回，退守总督官邸所处的区域以及欧洲人的居住区，他是荷兰人的总督，在城市即将失守的情况下，他能够保护的也只有欧
洲人了。
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