小智在特训后再次与艾岚进行了对战，这次他和艾岚在战斗中已经不相上下，但因为共享五感的关系，在战斗的最后小智体力不支而昏了过去。在梦中，小智梦到了甲贺忍蛙离开了他。
在接下来的旅途中，小智一行人从卡露妮处了解到想要捕捉小软的组织闪焰队正在进行某种秘密的实验，这个穿着红衣的秘密组织想利用传说中的宝可梦基格尔德的力量进行某种破坏行动。而在卡露妮了解到小智和甲贺忍蛙间的现象时，她也要求和小智进行一战来测试小智的实力。尽管小智的甲贺忍蛙和卡露妮的沙奈朵旗鼓相当，但小智总是会在牵绊现象出现后因为虚脱而昏迷。继续旅行的小智与翔太再次相遇，翔太告诉小智自己和之前相比已经有所进步，便提议和小智进行一场三对三的对战，小智答应了。没想到在对战中小智被翔太逼入绝境，而甲贺忍蛙的牵绊形态也无法成功发动。最终小智输掉了比赛，经过这一战，小智开始怀疑自己的能力。没想到不久后，他的信心又再次被映雪市道馆馆主得抚所击毁，小智不仅没能拿下徽章，甲贺忍蛙也在战斗中被打得满身是伤。小智难过的看着在疗伤的甲贺忍蛙，独自离开宝可梦中心进入到雪夜中的丛林。
因为担心小智，莎莉娜独自前往森林去寻找游荡中的小智，但是沮丧中的小智开始迁怒莎莉娜，让她十分生气。临走前，莎莉娜向小智脸上扔了几个雪球并表达了自己的失望，她告诉小智他现在这种自暴自弃的行为完全和他童年时勇敢的身影相反。莎莉娜离开后，小智对自己怒吼使自己清醒，正当他想回到宝可梦中心时，暴风雪突然降临。小智和一群野生宝可梦找到了一棵空树干来躲避暴风雪，这让他回忆起了自己童年时在森林中和宝可梦相拥度过雷雨的经历。在小智看到了洞外有一群粉蝶蛹没能及时赶到洞里时，他便立刻着手去营救它们，但却因为意外和粉蝶蛹一起滑下悬崖。这时甲贺忍蛙及时赶到并救下了小智，但是粉蝶蛹还是没被救上来，然后立刻与小智触发了牵绊形态并拯救了跌落中的粉蝶蛹。随后，小智和甲贺忍蛙和正在寻找小智的莎莉娜等人相遇，小智向莎莉娜道歉，并感谢莎莉娜点醒了自己。随后，甲贺忍蛙就像它在和小智相遇时那样，将自己的精灵球扔给了小智。经历了低潮后，小智和甲贺忍蛙间的牵绊开始变得更加强大。之后，小智前往映雪道馆进行第二次挑战，并击败了得抚的超级暴雪王。在取得卡洛斯联盟的第八枚徽章后，小智向他同行宝可梦们道谢，并表示未来不论遇到什么困难，他将会和伙伴们共同面对。
得到全部徽章后，小智来到了位于密阿雷市的卡洛斯联盟会场。在比赛中，小智一路挺进四强，并击败劲敌翔太首度晋级到决赛。决赛前夜，小智和他的伙伴们互相加油打气，他还更深入的了解了小智版甲贺忍蛙的能力。在和艾岚进行决战时，小智一度占上风并将艾岚逼到穷途末路，小智版甲贺忍蛙在关键一击时以黄金化的巨大飞水手里剑和艾岚的超级喷火龙x的爆炸烈焰对撞，最终超级喷火龙x一度失去平衡但得以挺住，甲贺忍蛙随后解除变身并倒地落败，由此小智仅居亚军，两人在战后握手并为大赛拉下帷幕。
但在密阿雷大会的闭幕式上，闪焰队开始实行他们计划的最后阶段，利用一只蓝色的基格尔德·核心Z2的力量摧毁了密阿雷市。尽管小智和艾岚尝试抵抗闪焰队，但小智最终被艾岚背叛，小智从克蕾儿那里得知艾岚一直在为闪焰队工作。小智被闪焰队拘禁在棱镜塔塔顶，弗拉达利称小智为“被选中的人”，想利用超级进化的力量控制小智及甲贺忍蛙以便学会牵绊现象，但小智和甲贺忍蛙凭借自己的力量变成小智版甲贺忍蛙挣脱了束缚。在局面失去控制后，认知到自己被利用的艾岚以及认为局势失控的帕琦拉均协同小智对抗弗拉达利。之后小智告诉弗拉达利，一个和平的未来应该是由人类和宝可梦共同创造的，而弗拉达利没有权利摧毁这一切。弗拉达利斥责小智幼稚，并自由落体飞离了棱镜塔。之后，小智与莎莉娜等人会合，莎莉娜告诉小智玛农的哈力君被控制并成为了基格尔德外型巨石的核心，这块巨石由弗拉达利利用超级进化的力量创造，他期望通过撞击位于百刻市的陨石来毁灭整个卡洛斯地区。但在甲贺忍蛙的帮助下，小智和艾岚成功救出了被困于巨石中的哈力栗，并和伙伴们击毁了巨石，弗拉达利也在爆炸中失踪。在再见了，小智版甲贺忍蛙！库瑟洛斯奇的回击!!中，小智又打败了库瑟洛斯奇，彻底终结了闪焰队的阴谋。最终，小软和Z2因卡洛斯地区的不稳定状态需要甲贺忍蛙的帮忙，甲贺忍蛙接受了小软的邀请，并与小智告别留下来清理事件后遗留的生态灾难。小软也和柚丽嘉道别并和她立下了再会的誓言。
密阿雷市在事件结束开始重建，希特隆也再度开始管理他的道馆。莎莉娜则为密阿雷市的市民们举办了一场特别的表演，并开始思考今后的目标。小智带领莎莉娜来到他第一天抵达卡洛斯地区时与希特隆对战的场地，并向莎莉娜发起挑战。小智告诉莎莉娜，自己在迷茫时就会进行对战，并且他会和皮卡丘一起支持莎莉娜的梦想。莎莉娜回以微笑，并在之后选择了自己前进的道路。在无尽的零！期待再会的那天!!中，一行人来到机场互相道别。小插曲后，莎莉娜启程的航班临近，她感谢小智改变了自己，莎莉娜称小智为她的目标，并且说在下次见面时会变成更加有魅力的女性。原本已经走下电扶梯的莎莉娜，突然转身跑回来，亲吻了小智，并和一行人道别。小智一度被莎莉娜亲密的举动给愣住，回过神后，小智更卖力地向莎莉娜道别。莎莉娜离去后，小智也与希特隆进行一场胜负未知的对战，并在黄昏的夕阳下搭机离去。最后小智回到了真新镇，在月光的照耀下抵达了自己的家。
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