这一次，图哈切夫斯基对国家安全委员会的调整可谓是大张旗鼓了，原委员会的组织机构都生了巨大的变化。虽然从分类上说，这个原本权势熏天的机构被削减了不少，但是在实际上，各个部门的职权却增大了许多，尤其是其中的第一总局和第二总局。现在以克留奇科夫为首的第一总局，其职能范围囊括了苏联对内、对外的全部间谍及反间谍工作，甚至还包括了新型谍报技术的开发。而与他相比，吉尔尼洛娃所控制的第二总局所掌握的权力范围虽然小了一些，但是其实际权势却要比第一总局大上许多。要知道在国家安全委员会原来的机构体系中，第四总局作为边防部队总局，就一直是一个非常重要的部门，该部门直接控制着数量庞大的苏军边防部队，是一个在军队中很有影响的机构。至于第五总局，那更是国家安全委员的核心机构，也是安全委员会的意识形态心脏。它其实就是秘密警察总局任务为“镇压一切来自国内外的反动分子和反动活动”，专门对付各类政治上的敌对者，职权范围异常宽广，甚至连军队中的军法官也是出自该机构。相对于第一、第二总局来说，第三总局的职权范围则要小了，很多其主要职责仅仅限于后勤工作和人事工作。
国家安全委员会的全面改革，彰显出了以图哈切夫斯基为的苏共中央新一代领导班子对当初斯大林时期秘密警察部队的仇视。此次侥幸复出之后，图哈切夫斯基一改以往的作风，第一时间就对原属斯大林和贝利亚的全套“家底”展开了全面地清理，而在这清理中，贝利亚所控制的国家安全委员会自然是当其冲。原来那些深受贝利亚看重的人，昨夜就被临时由第十九集团军抽调的“执法队”拘捕干净，统统的投入了大狱，罪名是“暗中从事破坏苏维埃革命的反动活动”今天凌晨，这些人中的一大部分就在经过了草草的审判之后，被秘密处决了。
图哈切夫斯基等人对瓦西里无疑是信任的，这一计划在昨天下午刚刚软禁了斯大林之后，瓦西里便得到了消息。最初他为此大感惶恐，这难道不是斯大林清洗政策的翻版吗？只不过当初是秘密警察对军队将领的清洗，而如今则换成了军队对秘密警察的清洗罢了。
瓦西里假惺惺的对图哈切夫斯基等人的这个计划提出了反对意见，甚至还为此同图哈切夫斯基等人闹得不十分愉快。不过他的反对最终没有起到任何效果，截止到今天晚上，仅仅是一天的时间，市的秘密监狱中就有四百余人被秘密枪决，这些人大都是当初国家安全委员会中的精英分子。
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