这一天，云朵坠地，飓风骤降，青青草原陷入一片混沌。
恐龙们从龙乐园跑到青青草原，遇到小羊，在互相交流之下，小羊们得知原来有一头机械龙要毁了世界。
青青草原上的一切与龙世界正遭遇的灭顶之灾息息相关，而终结灾难的唯一办法就是吹响传说中的“龙笛”……
于是，“羊羊战队”再度集结，决定前往这个神秘而又未知的国度一探究竟！
另一边，得悉灾难降临而举家落跑的灰太狼被一阵突如其来的怪浪卷入龙世界，不得不再度与众羊并肩作战……
想要击败机械龙，只有寻到千年绝世珍宝——“龙笛”。
传言，龙笛藏在幽幽山谷中，只有真正的龙的传人才能开启宝藏的密室之门……
众人刚进入龙世界，就被机械龙抓住，好在强大的小神龙及时出现，救下众羊。
“叮叮”，“咚咚”，“铛铛”，山谷里传来阵阵刺耳的声响，喜羊羊与灰太狼他们在拜小神龙为师学“艺”与功夫。
要想成为龙的传人，必须经过九九八十一关考试，有音乐、有功夫、有学识……
功夫，能让弱者变成强者，凡人变成英雄的绝技。
众人一路上寻找龙笛，沸羊羊在这过程中回忆起妈妈。
龙堡内，最后的决战一触即发，机械龙的强大远超乎众人的想象，原本犀利的武器变得不堪一击。
当沸羊羊命悬一线时，美羊羊吹奏笛子，悠扬的笛声响彻云霄，机械龙恢复冷静，一个小小的身影从“机械龙”中缓缓走来……
原来，最大的反派竟是他们中途遇到的小蓝/黑龙。
小黑龙之所以要毁灭世界，是因为小孩子们不珍惜他父亲精心制造出来的玩具，玩完之后任意将其抛弃，小黑龙的父亲因此郁郁不得志，甚至失踪。
小黑龙始终记得父亲对他说过的话，人只有拥有梦想才会活得不平凡，想要拥有梦想，便要拥有童心，当拥有了童心，当拥有了童心，便敢于去开开创，去闯荡，而到时所看到的世界，也自然不一样了。
在众人交谈间，机械龙突然暴走，喜灰再度组合，一起携手共战敌人，拔掉机械龙身上的核心零件，彻底解决龙世界危机。
青青草原恢复和平，灰太狼又干起了抓羊的老本行。
作为草原上超级优秀的发明家兼企业家，灰太狼百分之九十九点九的事情都会做，一生无比成功的他，唯一的失败点就是几千集来一直没抓到羊。
对此，他也是非常郁闷，于是，他发明出了具备极强杀伤力的天气魔方。
同一时间，羊村超级防御系统剪彩仪式上，慢羊羊宣布发明出无敌防御盾，没想到天象骤变，明媚的阳光瞬间被雷电所吞噬，防御系统当场被击溃。
这一切都是灰太狼最新研发的“天气魔方”所惹的祸。风卷残云、雷鸣电闪，新一轮危机步步逼近，天气精灵们变得失控，不断轰击草原。
危急时刻，一个庞然大物破土而出，它就是传说中可以带领草原居民逃离家园的诺亚神舟，但前提是要聚集草原上所有动物。
但是，要想启动神舟就必须先找到失踪千年的蛇族。
此时在焕然一新的奢华狼堡内，已贵为青青草原新一代“比尔盖茨”的灰太狼仍在孜孜不倦地升级“天气魔方”，渐渐不受控的风、雨、雷、电在狼堡内肆意狂吼。
而整天只能面对着机械灰太狼的红太狼饱受婚姻危机的困扰，一气之下带着小灰灰离家出走，这个曾经令人艳羡的甜蜜家庭难道就这样走到了尽头。
另一边，喜羊羊带着村长研制的机械喜羊羊一同前去寻找解决气象混乱的方法，却无意间误入天气巢穴。
面对语言不通的风、雨、雷、电，平日里能说会道的喜羊羊顿时乱了阵脚。
青青草原上的居民们到达方舟所在地，发现缺了蛇这种物种。
众羊去寻找蛇，可没料蛇没找着，神舟燃料消耗殆尽，神舟就此降落下来。
同一时间，天气发起新一轮猛攻，奈何能量同样不足，灰太狼欲一举将天气们消灭，被喜羊羊阻止下来。
最终，灰太狼与草原上的居民们意识到自己的错误。
灰太狼反省自己不应该强行控制天气，慢羊羊意识到了自己的防御系统过度浪费电能，包包大人也意识到自己动不动就使用人工降雨，破坏了大自然的平衡。
不要想着战胜自然，而是应该与自然和平相处，最终，天气恢复了正常，青青草原又恢复了往日的和平。
在青青草原的上空，有一座城，名为天马城，那儿，有一个关于童话和梦想的故事，童话故事里的白马王子本应与公主结婚幸福地生活在一起。
然而故事改变了走向，在天马城，一个红发小伙子把新娘抢跑了，飞马王子便去追赶。
和平是短暂的，所以显得非常珍贵。
这不，青青草原的狼与羊正在进行大战，灰太狼被打飞，撞到了飞马王子，使他的王子翼被弄掉，飞马王子掉落在了青青草原。
青青草原的大人们因为童话故事的悲惨结局痛哭不已，小羊们决定帮助飞马王子重返天马城，迎娶公主，改写童话故事的结局。
灰太狼也一路追来。
他们一起经历了七彩雨，闯过极光海，小羊们发现飞马王子没有理想。
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